在百子成功渡過地表入侵，山地基因危機(jī)，Ari智能危機(jī)以及天幕輻射危機(jī)的5年后，天空人和小oHeda領(lǐng)導(dǎo)的地表人又回到了地面。在重建家園的時(shí)候，意外發(fā)現(xiàn)大戰(zhàn)前美國國防建立的海底智能化基地由于備用供電終止，浮出水面。在探索后發(fā)現(xiàn)，基地并沒有幸存者。在修好了供電設(shè)備后，天空人進(jìn)入了海底基地的控制系統(tǒng)，原來這是在冷戰(zhàn)時(shí)期就開始研發(fā)的太空戰(zhàn)基地，之所以修在海底是為了安全和保密。海底基地可以接入還在運(yùn)行的軍事衛(wèi)星，意外發(fā)現(xiàn)美國已經(jīng)偷偷和宇宙的神族文明取得了聯(lián)系，神族文明的外交艦隊(duì)已在百年前出發(fā)，現(xiàn)在已進(jìn)入銀河系的邊緣。神族文明發(fā)現(xiàn)地球文明已經(jīng)不復(fù)存在。同時(shí)ari當(dāng)時(shí)備份在宇宙空間站的系統(tǒng)錯(cuò)誤判定神族文明的來意，希望他們能幫助人類重建家園。然而神族文明卻已開始了殖民地球的計(jì)劃。外交艦隊(duì)的任務(wù)是消滅地球殘留文明建立新的秩序。天空人和地表人將如何利用地球倒退的文明擊敗宇宙神族將是本季的亮點(diǎn)。基本劇情設(shè)定，神族文明也是碳基生物，具有和人類相似的外形，其武器也是基于量子力學(xué)開發(fā)的，只不過比人類當(dāng)年科技全勝的要先進(jìn)。神族文明當(dāng)年和地球文明互相發(fā)現(xiàn)后，認(rèn)為地球文明的科技具有爆炸性，未必能在到達(dá)地球后仍保持技術(shù)領(lǐng)先，不過由于對(duì)于未知世界的好奇，他們派出了2艘星艦和1w名神族戰(zhàn)士的外交艦隊(duì)